Depuis sa création, l’Orchestre de l'Alliance a pour vocation de s’affirmer en France et en Europe comme un orchestre de chambre de haut niveau capable d’interpréter aussi bien le grand répertoire que la musique contemporaine.

La politique musicale de l’Orchestre, privilégiant la musique française, a permis la redécouverte de compositeurs tels que Guillaume Lekeu ou Léon Boëllmann.
Ainsi, en décembre 2001, l’Orchestre a interprété pour la première fois depuis 1902 la Symphonie en fa de Léon Boëllmann et l’a inscrite en octobre 2004 au programme de sa tournée européenne. Il a pour projet d’enregistrer l’intégrale de la musique de chambre et de la musique pour orchestre de ce compositeur.

L’Orchestre de l'Alliance s’attache également à la diffusion de la musique contemporaine et à la création d’œuvres nouvelles. Parmi les créations, citons L’Elégie pour trompette de Thierry Escaich, la Première Symphonie pour baryton et orchestre et le Concerto pour violoncelle d’Olivier Greif, Les Oiseaux de Solitude de Philippe Chamouard, la Symphonie Blanche pour orchestre et orgue de Françoise Choveaux (créée à Notre-Dame de Paris).
Nombre de compositeurs de notre temps figurent au répertoire de l’Orchestre (Nicolas Bacri, Alfred Schnittke, Sofia Gubaïdulina…).

L'Orchestre de l'Alliance a souhaité renforcer son implication dans la création contemporaine en proposant chaque année une résidence à un compositeur. Pierre Thilloy a été invité pour la saison 2006-2007 et Régis Campo, jeune et talentueux compositeur, a été accueilli en 2007-2008.